1. Selecciona el ftp sobre el que quieres trabajar desde el SITE MANAGER
  2. Pulsa el boton derecho y selecciona PROPERTIES
  3. Selecciona la solapa ACTIONS 
  4. Click sobre el boton FILTER
  5. Selecciona la casilla Enable server side filtering (server applies filters)
  6. Escribe en Remote filter el siguiente comando: -L-a
  7. Pulsa ACEPTAR.  Vuelve a conectar a tu ftp y el fichero .htaccess debe ser visible desde tu cliente CuteFtp